آخرین دوره حکمرانی دولت ایران در مناطق بخارا و خیوه در دوره نادرشاه افشار صورت پذیرفت و پس از آن در مناطق مذکور حکومت‌هایی از ازبکان استقرار یافت که نسبت به دولت ایران سیاست و روشی در پیش گرفتند که جنبه خصمانه آن بر دوستانهاش بیشتر بود. در مرو شاخهای از ایل قاجار از زمان صفویه تا اوایل قدرت یابی آقامحمدخان در ایران، حکومت می‌کردند که آن هم به دست حاکم بخارا ساقط شد. گر چه آقامحمدخان درصدد اقداماتی در مناطق مذکور بود، ولی فرصت انجام آن را نیافت. غیر از حکام فوق ترکمانانی هم در مناطق شمال گرگان و استرآباد و خراسان بودند که دارای حکومت نظام یافته و مشخصی نبودند و گرچه مدتی پناهگاه بعضی از سران ایل قاجار بودند اما با استفرار حکومت قاجار مناسبات بین آنان تغییر کرد و آن ترکمانان به قتل و غارت و اسیر کردن مردم نواحی مرزی قلمرو قاجار پرداختند و آقامحمدخان اقدام به سرکوب آن‌ها میکرد.
)